Im Anschluss studierte Lucke von 1982 bis 1984 als Stipendiat der Studienstiftung des deutschen Volkes Volkswirtschaftslehre, Philosophie und Neuere Geschichte an der Rheinischen Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn. Nach einem einjährigen DAAD-Stipendium im Graduate Program des Economics Departments der University of California, Berkeley kehrte er 1985 nach Bonn zurück und schloss sein Studium 1987 als Diplom-Volkswirt ab. Er war anschließend bis 1988 Wissenschaftlicher Mitarbeiter am Institut für Agrarpolitik, Marktforschung und Wirtschaftssoziologie der Landwirtschaftlichen Fakultät der Universität Bonn. Parallel begann er ein Studium der Mathematik an der Fernuniversität in Hagen.
Von 1988 bis 1990 war Lucke Stipendiat der Volkswagenstiftung am Graduiertenkolleg ?Angewandte Mikroökonomik? des Forschungsbereichs Wirtschaftswissenschaft der Freien Universität Berlin und anschließend 1990 Wissenschaftlicher Referent beim Sachverständigenrat zur Einführung der Sozialen Marktwirtschaft in der DDR. 1991 wurde er bei Jürgen Wolters am Fachbereich Wirtschaftswissenschaft der Freien Universität Berlin mit der Dissertation Price Stabilization on World Agricultural Markets: An Application to the World Market for Sugar mit der Note ?summa cum laude? zum Dr. rer. pol. promoviert. Von 1991 bis 1992 war er Leitungsreferent beim Senator für Finanzen des Landes Berlin Elmar Pieroth (CDU).
Von 1992 bis 1998 war Lucke als Wissenschaftlicher Assistent am Institut für Statistik und Ökonometrie des Fachbereichs Wirtschaftswissenschaft der Freien Universität Berlin tätig. 1997 erfolgte mit der Arbeit Beiträge zur Theorie und Empirie realer Konjunkturzyklen die Habilitation (Venia legendi) in Volkswirtschaftslehre und Ökonometrie. Zwischen 1995 und 1996 war er im Erziehungsurlaub. Lucke leitete von 1997 bis 2000 das von der DFG geförderte Forschungsprojekt Ein konsistentes makroökonometrisches Gleichgewichtsmodell. Im Sommersemester 1998 hatte er eine Gastprofessur an der Humboldt-Universität zu Berlin als Vertretung des Fachs Wirtschaftspolitik inne. Seit 1998 ist er als Nachfolger Uwe Westphals Professor für Volkswirtschaftslehre an der Universität Hamburg und Geschäftsführender Direktor des Instituts für Wachstum und Konjunktur an der dortigen Fakultät für Wirtschafts- und Sozialwissenschaften.
In den Jahren 2000 und 2001 war Lucke Leiter des durch das FEMISE geförderten Forschungsprojekts Fiscal Impact of Trade Liberalisation ? The Case of Jordan and Syria. Nach einem erneuten einjährigen Erziehungsurlaub leitete er zwischen 2002 und 2007 das DFG geförderte Forschungsprojekt Wachstum und Wirtschaftsintegration im Nahen Osten. Von 2003 bis 2005 war Lucke Vertrauensdozent der Studienstiftung des deutschen Volkes. Im selben Jahr lehnte er einen Ruf an die Technische Universität Berlin ab. Von 2003 bis 2004 war er dann Leiter des FEMISE-geförderten Forschungsprojekts Regional Integration and Resource Use in the Middle East: Oil, Water, and the Need for Peace. 2004 war er in der Funktion eines World Bank Consultant (Trade Liberalization in Syria) und von 2006 bis 2007 Leiter des FEMISE-geförderten Forschungsprojekts Assessing the Macroeconomic Effects of the Barcelona Initiative's Liberalization Process.
2007 und 2008 bekleidete Lucke eine Gastprofessur an der University of British Columbia in Vancouver (Kanada). Er veröffentlichte zahlreiche Aufsätze in wissenschaftlichen Fachzeitschriften wie European Economic Review, NBER Macroeconomics Annual und Economics Letters.
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